Historia świątyni sięga początków XIV w., kiedy to powstał mały kościół, stanowiący prezbiterium obecnej budowli. Już w 1420 r. przy istniejącym założeniu wybudowano klasztor, który w czasach reformacji przeszedł w ręce protestantów i został przekształcony w magazyn oraz szpital. Sam kościół pozostawiono jednak pod opieką franciszkanów, z czasem zaczął on niestety popadać w ruinę. Sprawozdania z XVII w. podają, że budowla była niemalże całkowicie zniszczona, zachował się zaledwie jeden ołtarz przedstawiający Wniebowzięcie NMP. Dopiero w roku 1671 franciszkanie rozpoczęli renowację, a cztery lata później świątynia otrzymała nowe wezwanie: św. Piotra z Alkantary. W wyniku prac wnętrze kościoła zostało przebudowane i zyskało charakter barokowy. Na początku XIX w., w wyniku sekularyzacji, kościół przekształcono w magazyn wojskowy. W 1825 r. świątynia została zakupiona przez miasto Namysłów, które nadal używało budynku jako magazynu. W tym czasie częściowo zamurowano okna. Zupełnie zdewastowany budynek w 1982 r. został przekazany Kościołowi. Sześć lat później miało miejsce uroczyste poświęcenie świątyni, a w roku 1992 metropolita wrocławski Henryk Gulbinowicz erygował parafię pw. św. Franciszka z Asyżu i św. Piotra z Alkantary.